Kẻ Xâm Nhập – Intruder kể về gia đình Seo Jin (Kim Moo Yul), một kiến trúc sư thành đạt nhưng bị sang chấn tâm lý vì chứng kiến cái chết của người vợ cũ. Anh cũng ôm trong lòng nỗi ân hận vì từng để lạc mất em gái cách đây 25 năm. Giữa lúc cuộc sống của Seo Jin đang chìm trong tăm tối, anh được thông báo đã tìm ra người phụ nữ được cho là Yoo Jin (Song Ji Hyo). Xét nghiệm ADN thành công, Yoo Jin ngay lập tức chuyển đến sống cùng gia đình Seo Jin. Chỉ duy nhất Seo Jin cảnh giác trước người phụ nữ này, vì anh thấy cô ta khá lạ lùng. Trong quá trình điều tra, anh phát hiện ra cô có mặt tại hiện trường tai nạn của vợ và còn liên quan đến một giáo phái bí ẩn, muốn tiếp cận gia đình anh vì mục đích mờ ám.